重构研究目录结构：将research-topics整合到research/specialized/civilizations

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专题研究-工作文档/主索引.md

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 ### 2.1 蒙古文明研究
 
 #### 2.1.1 腾格里与天帝的对应关系
-**文件路径**：/home/ben/code/huhan3000/research-topics/mongolia/腾格里与天帝的对应关系.md
+**文件路径**：/home/ben/code/huhan3000/research/specialized/civilizations/mongolia/腾格里与天帝的对应关系.md
 
 **主要内容**：
 - T音密码的音韵考古学分析
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 - 跨文化意义与当代价值
 
 #### 2.1.2 蒙古语与古代汉语的音韵联系
-**文件路径**：/home/ben/code/huhan3000/research-topics/mongolia/蒙古语与古代汉语的音韵联系.md
+**文件路径**：/home/ben/code/huhan3000/research/specialized/civilizations/mongolia/蒙古语与古代汉语的音韵联系.md
 
 **主要内容**：
 - 声母对应关系分析
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 ### 2.2 犹太文明研究
 
 #### 2.2.1 希伯来语与东方语言的音韵联系
-**文件路径**：/home/ben/code/huhan3000/research-topics/judaism/希伯来语与东方语言的音韵联系.md
+**文件路径**：/home/ben/code/huhan3000/research/specialized/civilizations/judaism/希伯来语与东方语言的音韵联系.md
 
 **主要内容**：
 - 辅音系统对应（K/M/T/S音）
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 ### 2.3 中华文明研究
 
 #### 2.3.1 中国古代音韵系统与核心概念
-**文件路径**：/home/ben/code/huhan3000/research-topics/chinese-civilization/中国古代音韵系统与核心概念.md
+**文件路径**：/home/ben/code/huhan3000/research/specialized/civilizations/chinese-civilization/中国古代音韵系统与核心概念.md
 
 **主要内容**：
 - 音韵考古学与六书的关系
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 ### 2.4 西方文明研究
 
 #### 2.4.1 希腊罗马文明与东方文明的音韵联系
-**文件路径**：/home/ben/code/huhan3000/research-topics/western-civilization/希腊罗马文明与东方文明的音韵联系.md
+**文件路径**：/home/ben/code/huhan3000/research/specialized/civilizations/western-civilization/希腊罗马文明与东方文明的音韵联系.md
 
 **主要内容**：
 - 希腊字母与东方文字的音韵联系

专题研究-工作文档/文档整理方案.md

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 ### 第二类：专题研究文档
 ```
-research-topics/
-├── 蒙古文明研究/
+research/specialized/civilizations/
+├── mongolia/
 │   ├── 博尔只斤音韵分析.md
 │   ├── 成吉思汗命名仪式.md
 │   └── 狼图腾文化解构.md
-├── 犹太文明研究/
+├── judaism/
 │   ├── 便雅悯支派分析.md
 │   └── 圣经音韵密码.md
-├── 中华文明研究/
+├── chinese-civilization/
 │   ├── 太极天命密码.md
 │   ├── 太太称呼源流.md
 │   └── 太字系列研究.md
-└── 西方文明研究/
+└── western-civilization/
     ├── Notre Dame分析.md
     └── 拉丁语系音韵.md
 ```
@@ -75,7 +75,7 @@ archive/
 
 ### 第一步：创建新的目录结构
 ```bash
-mkdir -p core-theory research-topics practical-applications archive
+mkdir -p core-theory research/specialized/civilizations practical-applications archive
 ```
 
 ### 第二步：核心理论文档整合