重构程序文件目录结构并更新相关路径引用
- 创建新的目录结构：research/、tools/（含子目录）和apps/ - 移动核心理论文件到research/core-theory/ - 移动天山理论文件到research/specialized/ - 重组tools/目录为多个子目录：content-generation/、data-processing/等 - 更新所有文档中的路径引用，包括README.md、项目结构说明.md等 - 更新工作流文件和脚本中的路径引用 - 更新文档索引文件中的路径引用
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## 目录结构
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## 目录结构
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爹学整理中心/
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├── README.md # 本文档
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├── 入门指南.md # 爹学入门指南
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├── 小宇宙核心系统.md # 核心系统概述
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├── 目录结构.md # 目录结构说明
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├── 核心理论/ # 核心理论体系
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│ ├── 音韵考古学/ # 音韵考古学理论
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│ ├── 爹学理论/ # 爹学理论体系
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│ └── 文明理论/ # 文明理论体系
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├── 专题研究/ # 文明专题研究
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│ ├── 蒙古文明/ # 蒙古文明研究
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│ ├── 犹太文明/ # 犹太文明研究
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│ ├── 中华文明/ # 中华文明研究
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│ └── 西方文明/ # 西方文明研究
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├── 应用实践/ # 理论应用实践
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│ ├── 文学批评/ # 文学批评应用
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│ ├── 当代文化分析/ # 当代文化分析
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│ └── 政治批判/ # 政治批判应用
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├── 实证论证体系/ # 实证论证系统
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│ ├── 方法论验证框架.md # 方法论验证
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│ ├── 案例研究深度分析.md # 案例研究分析
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│ └── 音韵密码实证数据库.md # 音韵密码数据库
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├── 历史档案/ # 历史档案系统
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│ ├── 原始笔记/ # 原始研究笔记
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│ └── 版本存档/ # 版本历史存档
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├── 索引系统/ # 多维度索引系统
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│ ├── 概念索引.md # 概念索引
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│ ├── 人物索引.md # 人物索引
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│ ├── 文明索引.md # 文明索引
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│ ├── 音韵索引.md # 音韵索引
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│ └── 理论索引.md # 理论索引
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└── 工具资源/ # 工具资源系统
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├── 研究方法论/ # 研究方法论
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├── 分析工具/ # 分析工具
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├── 参考文献/ # 参考文献
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└── 外部链接/ # 外部链接
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├── README.md # 本文件，项目概述和导航
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├── 入门指南.md # 新手入门指导
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├── 小宇宙核心系统.md # 核心系统架构说明
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├── 目录结构.md # 详细目录结构说明
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├── 爹学整理中心优化方案.md # 组织优化建议
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├── 程序文件重组方案.md # 程序文件重组计划
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├── 核心理论/ # 核心理论研究
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│ ├── 爹学理论/ # 爹学理论体系
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│ ├── 文明理论/ # 文明传播理论
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│ └── 音韵考古学/ # 音韵考古学研究
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├── 专题研究/ # 文明专题研究
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│ ├── 中华文明/ # 中华文明研究
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│ ├── 犹太文明/ # 犹太文明研究
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│ ├── 蒙古文明/ # 蒙古文明研究
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│ └── 西方文明/ # 西方文明研究
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├── 实证论证体系/ # 实证研究和方法论
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│ └── 方法论验证框架.md # 研究方法论
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├── 应用实践/ # 理论应用案例
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│ ├── 当代文化分析/ # 当代文化现象分析
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│ ├── 政治批判/ # 政治现象批判
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│ └── 文学批评/ # 文学作品批评
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├── 工具资源/ # 研究工具和资源
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│ ├── 分析工具/ # 数据分析工具
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│ ├── 研究方法论/ # 研究方法指南
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│ ├── 参考文献/ # 重要文献资料
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│ └── 外部链接/ # 相关外部资源
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├── 索引系统/ # 分类索引系统
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│ ├── 人物索引.md # 历史人物索引
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│ ├── 文明索引.md # 文明体系索引
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│ ├── 概念索引.md # 核心概念索引
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│ ├── 理论索引.md # 理论体系索引
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│ └── 音韵索引.md # 音韵考古索引
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└── 历史档案/ # 历史资料存档
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├── 原始笔记/ # 原始研究笔记
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└── 版本存档/ # 各版本历史存档
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## 索引系统
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