重构程序文件目录结构并更新相关路径引用

- 创建新的目录结构：research/、tools/（含子目录）和apps/
- 移动核心理论文件到research/core-theory/
- 移动天山理论文件到research/specialized/
- 重组tools/目录为多个子目录：content-generation/、data-processing/等
- 更新所有文档中的路径引用，包括README.md、项目结构说明.md等
- 更新工作流文件和脚本中的路径引用
- 更新文档索引文件中的路径引用

项目结构说明.md

@@ -36,14 +36,24 @@ huhan3000是一个综合性研究项目，包含历史文化研究、理论分
 - **research-topics/** - 研究主题，包含中华文明、犹太文明、蒙古文明等
 
 ### 理论体系
-- **core-theory/** - 核心理论，包含文明传播模型、爹学理论体系、音韵考古学基础等
-- **tianshan-theory/** - 天山理论研究
+- **research/core-theory/** - 核心理论研究，包含文明传播模型、爹学理论体系、音韵考古学基础等
+- **research/specialized/** - 专门研究领域，如金融研究等
+- **tianshan-theory/** - 天山理论研究（待整合到research目录）
 
-### 文档与工具
-- **documentation/** - 项目文档，包含分析、规划、RFC等
-- **tools/** - 工具集，包含AI工具、图像处理、文本处理等
+### 程序工具与开发
+- **tools/content-generation/** - 内容生成工具，包含电子书、播客、视频生成等
+- **tools/data-processing/** - 数据处理工具，包含图像处理、文本处理等
+- **tools/development/** - 开发工具，包含测试工具等
+- **tools/ai-tools/** - AI相关工具
+- **tools/analysis/** - 分析工具
+- **tools/diagrams/** - 图表工具
+- **tools/setup/** - 设置工具
+- **tools/visualization/** - 可视化工具
 - **scripts/** - 脚本文件，包含文档构建、测试等
 
+### 应用程序
+- **apps/** - 应用程序目录（新建）
+
 ### 资源文件
 - **images/** - 图片资源，按章节和主题组织
 - **literary-works/** - 文学作品，包含分析、诗歌、人物简介等