重构程序文件目录结构并更新相关路径引用

- 创建新的目录结构：research/、tools/（含子目录）和apps/
- 移动核心理论文件到research/core-theory/
- 移动天山理论文件到research/specialized/
- 重组tools/目录为多个子目录：content-generation/、data-processing/等
- 更新所有文档中的路径引用，包括README.md、项目结构说明.md等
- 更新工作流文件和脚本中的路径引用
- 更新文档索引文件中的路径引用

README.md

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 │   ├── 04-accounting-operation/      # 历史会计学
 │   ├── 05-three-empires-framework/   # 三大帝国框架
 │   └── 06-legacy-docs/               # 旧版核心理论 ⭐
+├── research/                       # 研究程序
+│   ├── core-theory/                 # 核心理论研究程序
+│   ├── tianshan-theory/             # 天山理论研究程序
+│   └── specialized/                 # 专门研究程序
+│       └── financial/               # 金融研究程序
+├── tools/                          # 技术工具
+│   ├── ai-tools/                    # AI工具集成
+│   ├── analysis/                    # 分析工具
+│   ├── content-generation/          # 内容生成工具
+│   ├── data-processing/             # 数据处理工具
+│   │   ├── image-processing/        # 图像处理工具
+│   │   └── text-processing/         # 文本处理工具
+│   ├── visualization/               # 可视化工具
+│   ├── document-management/         # 文档管理工具
+│   └── development/                 # 开发工具
+├── apps/                           # 应用程序
 ├── historical-research/            # 历史研究
 │   ├── jade-road/                 # 玉石之路研究 ⭐
 │   ├── yanda-origins/             # 嚈哒起源研究
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 │   │   └── lianyaohu.md           # 炼妖壶GameFi
 │   └── analysis/3body/            # 三体解读
 │       └── the scripts.md
-├── tools/                         # 技术工具
-│   ├── image-processing/          # 图像处理工具
-│   ├── diagrams/                  # 可视化工具
-│   └── ai-tools/                  # AI工具集成
 ├── documentation/                 # 文档资料
 │   ├── overview/                  # 项目概览
 │   │   └── DOCUMENTATION_OVERVIEW.md