重构程序文件目录结构并更新相关路径引用

- 创建新的目录结构：research/、tools/（含子目录）和apps/
- 移动核心理论文件到research/core-theory/
- 移动天山理论文件到research/specialized/
- 重组tools/目录为多个子目录：content-generation/、data-processing/等
- 更新所有文档中的路径引用，包括README.md、项目结构说明.md等
- 更新工作流文件和脚本中的路径引用
- 更新文档索引文件中的路径引用

documentation/planning/PROJECT_STRUCTURE.md

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 ## 技术工具 (tools/)
 ### 分析工具
-- `tools/image-processing/` - 图像处理工具
-- `tools/data-analysis/` - 数据分析脚本
-- `tools/ai-integration/` - AI工具集成
+- `tools/data-processing/image-processing/` - 图像处理工具
+- `tools/data-processing/` - 数据处理脚本
+- `tools/ai-tools/` - AI工具集成
+
+### 内容生成工具
+- `tools/content-generation/` - 电子书、播客和视频生成工具
+
+### 开发工具
+- `tools/development/` - 开发辅助工具
+- `tools/setup/` - 项目设置工具
 
 ### 可视化工具
 - `tools/diagrams/` - 图表和可视化
-- `tools/network-analysis/` - 网络分析工具
+- `tools/visualization/` - 数据可视化工具
+
+### 分析工具
+- `tools/analysis/` - 数据分析脚本
 
 ## 文档资料 (documentation/)
 ### 项目文档