重构程序文件目录结构并更新相关路径引用

- 创建新的目录结构：research/、tools/（含子目录）和apps/
- 移动核心理论文件到research/core-theory/
- 移动天山理论文件到research/specialized/
- 重组tools/目录为多个子目录：content-generation/、data-processing/等
- 更新所有文档中的路径引用，包括README.md、项目结构说明.md等
- 更新工作流文件和脚本中的路径引用
- 更新文档索引文件中的路径引用

tools/content-generation/generate_ebook.py

@@ -0,0 +1,49 @@
+import subprocess
+import os
+import shutil
+
+def generate_ebook(source_dir="documentation/docs", build_dir="documentation/docs/_build", output_format="epub"):
+    """
+    使用 Sphinx 生成电子书 (EPUB 或 HTML)。
+    """
+    print(f"开始生成 {output_format} 格式的电子书...")
+
+    # 确保构建目录存在
+    if not os.path.exists(build_dir):
+        os.makedirs(build_dir)
+
+    # 清理之前的构建
+    if os.path.exists(build_dir):
+        shutil.rmtree(build_dir)
+        print(f"清理目录: {build_dir}")
+    else:
+        print(f"构建目录不存在，无需清理: {build_dir}")
+
+    # 构建文档
+    build_command = [
+        f"./documentation/analysis/phallic-worship-analysis/venv/bin/sphinx-build",
+        "-b", output_format,
+        source_dir,
+        os.path.join(build_dir, output_format)
+    ]
+    print(f"执行构建命令: {' '.join(build_command)}")
+    try:
+        subprocess.run(build_command, check=True, cwd='.')
+        print(f"{output_format} 电子书生成成功！")
+        return True
+    except subprocess.CalledProcessError as e:
+        print(f"生成 {output_format} 电子书失败: {e}")
+        return False
+
+if __name__ == "__main__":
+    # 示例用法：生成 EPUB
+    if generate_ebook(output_format="epub"):
+        print("EPUB 电子书已生成。")
+    else:
+        print("EPUB 电子书生成失败。")
+
+    # 示例用法：生成 HTML
+    if generate_ebook(output_format="html"):
+        print("HTML 网站已生成。")
+    else:
+        print("HTML 网站生成失败。")