添加理论体系建设待办清单和程序开发计划

- 创建todo-theory.md系统化理论发展路线图
- 制定音韵考古学、爹学理论、文明传播模型三大核心工具开发计划
- 规划开源程序开发路线图，将复杂理论转化为用户友好工具
- 针对实证验证和方法论标准化两个最弱环节制定解决方案

documentation/专题研究文档归并计划.md

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+# 专题研究文档归并计划
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+## 分析结果
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+根据对各专题研究文件夹的分析，我们识别出以下高价值文档：
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+### 1. 孔子研究类 (共2753行)
+- 孔子反周复商理论对中华文明叙事的颠覆性影响.md (323行)
+- 孔子作为第一次反清复明的领导者：一项颠覆性的历史研究.md (319行)
+- 回应盐官：孔子起源问题与理论根基.md (245行)
+- 孔子话语中的阶级密码：君子与小人的真实指向.md (186行)
+- 孔子还乡团假说：反周复商运动的终极密码.md (182行)
+- 革卦与孔子革命思想：64卦的核心密码.md (181行)
+- 玉德与金德：呼唤3000的核心密码.md (170行)
+- 玉德的献祭本质：宁为玉碎的永恒之光.md (167行)
+- 法家的玉德本质：对历史结果论的深度解构.md (147行)
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+### 2. 理论分析类 (共1350行)
+- 论文_秦始皇炼丹项目_古代两弹一星理论.md (626行)
+- 回应盐官：阶级密码与有教无类的辩证统一.md (173行)
+- 蒙古族幼子守灶制度研究-修正版.md (151行)
+- 礼制密码：克己复礼的商礼本质与北魏的终极背叛.md (148行)
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+### 3. 文化研究类 (共1114行)
+- 昆仑正音.md (849行)
+- 经络词源学术调研报告.md (193行)
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+### 4. 社会制度类 (共674行)
+- 幼子守灶调研执行计划.md (250行)
+- 幼子守灶资料收集工具包.md (245行)
+- 幼子守灶继承制度调研提示词.md (179行)
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+### 5. 汇票研究类 (共3979行)
+- 东方弄臣理论_话语豁免权研究.md (652行)
+- 生死簿会计学_复式记账法.md (570行)
+- 赎罪券会计师回忆录.md (365行)
+- 阴曹地府经济学：汇票宇宙理论.md (275行)
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+### 6. 爹学整理中心类 (共2753行)
+- 音韵密码总览.md (232行)
+- 案例研究深度分析.md (204行)
+- I音密码：耶稣育德体系.md (184行)
+- D音密码：德鲁伊自然权威.md (161行)
+- 方法论验证框架.md (152行)
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+## 归并计划
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+1. 创建统一的文档存储结构
+2. 按主题提取高价值文档内容
+3. 整合相关主题的文档
+4. 删除原始文件夹
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+## 新文档结构
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+```
+/home/ben/code/huhan3000/核心研究文档/
+├── 孔子研究合集.md
+├── 理论分析合集.md
+├── 文化研究合集.md
+├── 社会制度研究合集.md
+├── 汇票理论合集.md
+└── 爹学理论合集.md
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